園地に旧新潟税関（1869建築・国重文）があるのでお分かりのように、かつてはここが港。
大正時代に港湾機能が対岸に移ったことで、こちらは港を眺めるのに最適な場所になりました。萬代橋からみなとぴあまでの左岸を歩く間、ずっと港が見え、カーフェリーの大回頭も楽しめます。港というのは、思いがけないものが入ってくる、出会いと驚きの場。左岸地域がそうした「港らしさ」を持てたらと考えています。
館としては展示内容の充実、知的好奇心をあおる催しをこれまで以上に充実させながら、左岸地区の拠点として、何度も訪れたい場所になるための仕掛けづくりに尽力してまいります。
博物館本館は1910年に竣工した二代目新潟市役所を模した建築、国史跡の旧新潟税関、保税倉庫として使われた石庫、旧第四銀行住吉町支店（1927年建築・2003年移築）からなり、園地には堀を再現して柳を植栽。かつて市中に堀が張り巡らされ「柳都」「八百八橋」と呼ばれた新潟市の往時の姿をしのばせる公園になっています。
本館の展示は「郷土の水と人々のあゆみ」をテーマとし、建設当時日本最長の木橋だった初代萬代橋のジオラマも展示。ライブラリーでは新潟の歴史に関する図書、視聴覚資料が閲覧できます。旧新潟税関庁舎は現在改修工事に入っており、2018年12月まで休館しています。
